Antes (foto à esquerda) Agora (foto á direita)
Nome: Uzumaki Naruto
Idade: 12 antes, 15 agora
Altura: 1,66m
Peso: 60.6 Kg
Classificação: Gennin mas com habilidades muito superiores, nomeadamente de Sannin quando aprendeu o elemento vento (Fuuton)
Onde vive: Konoha
Time: Time Kakashi
Naruto é o personagem principal da série é também o mais marcante. É filho de Minato Namikaze (Quarto Hokage) e de Uzumaki Kushina, sendo que Jiraiya é o seu padrinho. Naruto é dotado de uma personalidade extremamente forte, o seu desejo é fazer com que todas as pessoas o reconheçam como um ninja forte. Naruto tem o dom de mudar radicalmente as pessoas e as fazerem acreditarem nele e em si mesmas. O seu sonho é tornar-se Hokage, o ninja mais forte de Konoha. Por mais que as coisas se compliquem ele nunca desiste, e continua sempre a acreditar na vitória, mesmo quando tudo parece acabado. Mas Naruto é um Jinchuuriki, tendo um demónio que se chama Kyuubi (Raposa de Nove Caudas)dentro do seu corpo. Por um lado quando ele liberta o seu poder, ganha uma força superior à de um Kage, mas esse poder possui-o e a certa altura não distingue amigos de inimigos. Naruto sempre foi desprezado pelas pessoas da sua vida, e como tem a raposa demónio dentro dele foi visto como o próprio monstro. Mas com a sua força de vontade, consegue criar laços muito fortes nomeadamente com os seus amigos Sasuke e Sakura e com os seus professores, Iruka, Kakashi e Jiraiya. Consegue finalmente ser reconhecido por estes e a partir daí consegue fazer mais amigos na vila.
O seu prato preferido é o Ramen do restaurante Ichiraku Ramen. Ramen é uma espécie de prato típico japonês, que leva um caldo onde se coloca massa e outros acompanhamentos à escolha como carne de porco frito, etc. Naruto é um rapaz que nunca desiste do seu sonho, de se tornar um Hokage para que todos da vila o reconheçam. Quando se trata da vida de um amigo que está em jogo, Naruto arrisca a sua própria vida para salvá-lo, arranjando forças que nunca imaginava ter. Ele odeia que falem mal dos seus sonhos, ensinando sempre que um sonho deve ser perseguido. É determinado, lutando até o final pelo o que ele quer. Tem uma paixão por Sakura, apesar de sempre estar a ser admirado por Hinata. Considera Sasuke o seu maior rival, querendo superá-lo, mas considera-o o seu melhor amigo. Apesar da frieza de Sasuke, no seu interior também considera Naruto como o seu melhor amigo. Desde a série Shippuuden, Naruto amadureceu, já não sendo a criança que costumava ser. Encara as coisas com mais seriedade e está ainda mais determinado a trazer Sasuke de volta que possuído pela vingança dedica a sua vida à procura do poder para matar o seu irmão (Uchiha Itachi) que assassinou todo o seu clã.
História
Há doze anos, a Vila Oculta da Folha foi atacada por uma criatura colossal, a Raposa de Nove Caudas, que destruiu parte da vila e matou muitas pessoas. Nem mesmo todos os ninjas juntos foram capazes de detê-la. Assim, o chamado Hokage (O ninja mais forte de Konoha) daquela época teve como último acto em vida aprisionar a criatura numa criança. O Quarto Hokage (Minato Namikaze) morreu selando a criatura no seu recém-nascido filho, esperando que ele fosse reconhecido pelo seu poder. Essa criança chamava-se Uzumaki Naruto.
No começo Naruto era um rapaz que só arranjava problemas, logo na primeira aparição ele pintou os rostos dos Hokages cujos rostos estão esculpidos na montanha que se situa atrás da vila, isso para chamar atenção. Vivia correndo e nunca se ajeitava. Naruto é então apanhado por Iruka e é levado a Academia ninja. Iruka dá um sermão, que Naruto ignora. Como punição, toda a turma deve fazer um teste de jutsu de transformação, após Sakura e Sasuke fazem correctamente a transformação, Naruto usa o jutsu sexy para derrotar Iruka. Como punição por pintar os rostos dos Hokages ele é obrigado a limpar tudo. Iruka diz a Naruto que ele não irá para casa enquanto não limpar tudo, mas Naruto responde que não faz diferença já que não vai ter ninguém à sua espera, com isso Iruka pergunta se Naruto gostaria de ir comer um ramem com ele. Naruto fica empolgado e começa a limpar tudo muito rápido. Depois no Ichiraku Ramen, Iruka pergunta o porquê de Naruto fazer aquilo com os rostos e perguntou se ele sabe quem são eles. Naruto responde que os Hokages são considerados os melhores ninjas da folha, e depois disso afirma que será o melhor deles. Naruto pede que Iruka empreste a sua bandana, mas Iruka recusa dizendo que Naruto só vai ganhar uma quando se tornar Gennin. No dia seguinte chega a avaliação para ver quem vai se tornar um Gennin quando Naruto descobre que é o jutsu de clonagem fica horrorizado já que o jutsu de clonagem é o seu pior jutsu. Quando Naruto entra na sala de exame, ele mal consegue fazer um clone, e é assim reprovado. Depois do exame, vários alunos estavam felizes por finalmente se tornarem Gennins, Mizuki (um Chuunin da vila da folha amigo de Iruka), começa a conversar com Naruto tentando dizer-lhe que Iruka não é uma má pessoa, e que na verdade ele é igual a Naruto, mas ao ouvir que Naruto queria passar ele resolve contar-lhe uma coisa. Conta-lhe que existe um pergaminho muito valioso do primeiro Hokage que o pode ajudar a passar. Naruto vai em busca desse pergaminho. Ao anoitecer Naruto começa a estudar o pergaminho do primeiro Hokage, ao ler o primeiro jutsu, o jutsu multiclone das sombras(Kage Bunshin no Jutsu), Naruto sabe que não é bom nisso mas tenta aprende-lo. Entretanto Iruka apanha e Naruto e pergunta o que é que ele faz com um pergaminho tão valioso, ao que Naruto responde que lhe tinham dito que com aquele pergaminho ele poderia ter hipóteses de passar na Academia. Iruka pergunta a Naruto quem lhe disse isso, e Naruto responde que foi o Mizuki, logo após isso Iruka empurra Naruto e é acertado por várias Kunais. É então que Mizuki aparece e pede o pergaminho a Naruto. Este percebe que Mizuki apenas o usou para poder ficar com o pergaminho. Este revela a Naruto que ele tem a raposa demónio dentro dele e diz-lhe também que foi essa raposa que matou os pais de Iruka que se sacrificaram para salvar a vila. Naruto fica completamente chocado sem saber o que dizer e então trava-se uma batalha entre Iruka e Naruto contra Mizuki. Naruto tenta fugir pois sabia a causa de ninguém o reconhecer nem mesmo o seu professor Iruka. Mas Naruto ouve Iruka a dizer que o reconhece como um dos seus melhores alunos e é então que quando Mizuki quase mata Iruka que Naruto o salva utilizando a dificílima técnica dos Múltiplos Clones da Sombra (Kage Bunshin) criando milhares de clones e derrotando Mizuki. Então Iruka decide premia-lo coma sua bandana e a partir daquele momento Naruto torna-se Gennin, sendo a partir de agora um ninja.
Depois desta aventura Naruto conhece o neto do Terceiro Hokage, Konohamaru, um rapaz de 9 anos que estava farto de não ser reconhecido pelo seu nome, pois as pessoas apenas o reconheciam por ser o neto do Terceiro Hokage. Konohamaru marca Naruto como o seu rival mas dá-se bastante bem com este e pede-lhe para ser o seu mestre e para lhe ensinar o Sexy no Jutsu (onde Naruto se transforma numa rapariga nua) pois ele reparou que com esta técnica conseguiu espantar o Terceiro Hokage que ficou chocado. Naruto ensina-lhe a técnica mas afirma que terá de praticar mais. Konohamaru diz a Naruto que um dia será Hokage para poder ser reconhecido por todos pelo seu nome e visto Naruto também o querer ser diz que eles um dia enfrentar-se-ião.
Após terem-se graduado como Gennins, Naruto, Sakura e Sasuke (que ficaram na mesma equipa, sendo que cada equipa é composta por três ninjas) estavam à espera do seu professor que irá ser Kakashi. A princípio Kakashi não se dá bem com os alunos pois Naruto prega-lhe uma partida. No tecto do prédio Kakashi pede a eles para falarem sobre a sua vida. Kakashi acaba por se apresentar primeiro dizendo o seu nome (Hatake Kakashi), e também diz que não tem nenhuma intenção de contar do que gosta ou não gosta e de que nunca pensou em objectivos ou sonhos. Depois disso pede para todos se apresentarem. Depois revela que a missão do próximo dia será um exercício de sobrevivência. A missão consiste em tirar dois sinos de Kakashi sendo o que não o conseguir fazer ficará amarrado um tronco sem poder comer (sendo que a pedido de Kakashi não tinham comido nada desde as 5:00 da manhã) sendo que os que conseguissem capturar os sinos poderiam comer à vontade. Prosseguindo diz que eles podem usar tudo o que quiserem, já que para conseguir os sinos eles teriam que tentar matá-lo. Quando ele diz para começarem Sakura e Sasuke escondem-se, mas Naruto não se esconde e diz que quer um combate justo e limpo, Kakashi então tira de seu bolso um livro, dizendo que poderia ficar a ler enquanto enfrenta Naruto, este com raiva parte para cima e Kakashi bloqueia todos os ataques, inclusive aplicando-lhe um taijutsu no anus fazendo-o cair num lago. Naruto apela então para shurikens nas quais Kakashi defende apenas usando os dedos, Naruto que estava esfomeado usa o Kage Bunshin impressionando roda a gente mas apesar disso é derrotado, ficando preso numa árvore.
Sasuke demonstra o seu poder utilizando o elemento fogo: jutsu bola de fogo sendo que Kakashi acha que é impossível um Gennin usar ninjutsus de fogo e consegue desviar-se e contra-atacar com um elemento terra prendendo Sasuke no chão só com a cabeça acima do solo. Com Sasuke preso ao solo Kakashi pega no seu livro e começa a ler, quando Naruto ia comer pois achava que naquela altura não estava ninguém a vigiar a comida, Kakashi aparece e diz que é tarde demais. Sakura também nada consegue fazer desmaiando duas vezes a pensar que Sasuke estava morto. Kakashi diz que não há necessidade de eles voltarem à Academia ninja, mas sim que devem desistir como ninjas, deixando Sakura e Naruto horrorizados. Kakashi diz-lhes que eles estão a desrespeitar o significado de ser ninja, e pergunta por que acham que estão a treinar num time de três pessoas? Pois a resposta para o treino era o trabalho em equipa. Kakashi explica que se eles tivessem trabalhados juntos talvez conseguissem apanhar os sinos. O sensei dá-lhes outra hipótese mas na condição de Naruto ficar sem almoçar, e diz que se eles o alimentarem serão reprovados imediatamente. Apesar de Kakashi ter dito isto, Sasuke oferece o seu almoço a Naruto, Sakura tenta impedir dizendo que se ele lhe der a comida será reprovado, mas Sasuke diz que se Naruto não comer ficará fraco e não serviria para os ajudar no trabalho em equipa. Então Sakura oferece o dela. Kakashi aparece de repente e pergunta se eles têm alguma coisa a dizer em sua defesa, Sasuke diz que eles são uma equipa, Sakura e Naruto confirmam isso e Kakashi dá-lhes os parabéns e que eles passaram e diz que o Time 7 começará as missões no dia seguinte. É nessa altura que Kakashi lhes dá um ensinamento(que como mais tarde na série Shippuuden se percebe, foi o seu companheiro de equipa Uchiha Obito que lhe tinha dado a ele este ensinamento): "Aqueles que desrespeitam as regras ninja são considerados lixo, mas aqueles que não se preocupam com os seus companheiros são ainda mais lixo!"
Após algumas missões mais fáceis, Naruto pede uma missão que seja realmente desafiadora, tendo a aprovação de Sasuke. Mas dizem-lhes que eles são apenas Gennins logo não podem receber missões muito avançadas. É-lhes dada uma missão de Rank-D que consiste em proteger um construtor de pontes até ao país da Água, uma missão aparentemente fácil. Mas mais tarde eles percebem que foram enganados pois o construtor de pontes precisa de ser protegido por outros ninjas tornando a missão numa de Rank-A. Mais tarde eles lutam contra um habilidoso ninja renegado do Pais da Água, Momochi Zabuza acabando por derrotá-lo. Percebem depois que Zabuza tinha sido contratado para matar o construtor de pontes por um empresário cruel que não pretendia que a ponte fosse acabada de construir pois pretende controlar o mar do País da Água. Eles descobrem que Zabuza tem um forte companheiro da ANBU da Vila Oculta da Névoa que o protege pois Zabuza salvou-o quando este era pequeno. Nesta missão Naruto que teve medo de lutar pela primeira vez que encontrou um ninja a sério, promete que nunca mais fugiria de uma batalha e ao trabalhar em equipa com Sasuke dão uma grande ajuda a Kakashi na primeira batalha contra Zabuza. Mais tarde Naruto conhece o neto do construtor de pontes que era um rapaz que passava a vida a chorar pelo seu pai ter sido morto. Naruto afirma demonstra pela primeira vez o seu poder de mudar as pessoas, dando uma lição ao rapaz afirmando que ele não poderá chorar a vida toda, tendo que enfrentar os seus medos para poder ser tão corajoso como o seu pai. Na segunda batalha contra Zabuza, Haku (o seu companheiro) mostra o seu grande poder e quase mata Sasuke que fica inconsciente. Julgando-o morto Naruto pela primeira vez descontrola-se e liberta algum poder da raposa dentro dele sendo que derrota Haku. Kakashi mata Haku que se coloca á frente de Zabuza para o proteger e Zabuza com as suas últimas forças decide fazer uma boa acção e mata o cruel empresário acabando posteriormente de morrer ao lado de Haku. A ponte acaba de ser construída e recebe o nome de "Grande Ponte Naruto".
Voltando para Konoha, Naruto, Sasuke e Sakura decidem fazer o Chuunin Shiken para tentarem tornar-se Chuunins. Este exame reúne vários times fortes de todas as vilas ocultas.
Naruto consegue passar na prova da primeira fase sem responder uma única questão, pois na décima questão decide ir em frente pois diz que mesmo que não se torne Chuunin irá com certeza ser Hokage
Na segunda fase, as restantes equipas vão para a floresta da morte onde deverão chegar ao centro da floresta onde está uma torre, com dois pergaminhos, sendo que cada equipa recebe apenas um. Nesta floresta, Sasuke, Sakura e Naruto encontram Orochimaru, o qual morde Sasuke e cria um selo amaldiçoado, que tem a capacidade de controlar o corpo no qual foi implantado quando o mesmo usar todo o seu chakra. Naruto, Sasuke e Sakura, com a ajuda de Kabuto, conseguem passar da segunda fase.
A terceira fase é um torneio. Porém como muitos Gennins passaram, seria necessária uma eliminatória lugar, e quem ganhasse passaria. Naruto luta contra Kiba Inuzuka, ganhando a sua primeira batalha. Naruto jura que vai derrotar Neji que magoou gravemente a sua prima. No final da eliminatória, Naruto descobre que a primeira luta é entre ele e Neji depois de um mês.
Durante esse mês Naruto conhece Jiraiya passando-o a chamar Ero Sannin (Eremita pervertido) pois gostava muito de espiar raparigas nas termas. A partir daí (apesar de Naruto não saber o porquê ainda, só depois desocbre que é por causa que a Akatsuki anda atrás dele por causa da Kyuubi) Jiraiya treina Naruto ensinando-lhe o controle de chakra da raposa e ensina-lhe também a invocar o sapos, tendo feito um contrato de sangue com eles. Naruto fica pronto para lutar contra Neji, conseguindo-o vencer e mais uma vez dando uma lição, desta vez Neji acreditava que tudo estava pré-destinado, e como era considerado o Gennin mais forte de Konoha iria derrotar facilmente Naruto, mas Naruto demonstra que a força de vontade fará com que a própria pessoa trace o próprio destino, desta forma acaba por vencer Neji e as pessoas da vila começam a reconhecer o seu poder. Nesta luta Naruto usa o chakra da Kyuubi mas não se transforma.
Na terceira fase quando Sasuke que agora tinha aprendido novas técnicas ia lutar contra Gaara dá-se a invasão a Konoha. Gaara foge juntamente com os seus dois irmãos mas Sasuke persegue-os acabando por os interceptar, tenta lutar contra Gaara (que é bastante poderosos considerado invencível, pelo facto de controlar a areia, algo que é devido ao Bijuu da Primeira Cauda que tem dentro de si) mas devido ao selo que o enfraquece não consegue. Quando Sakura e Naruto aparecem, Sakura é presa por Gaara e Naruto jura protege-la, travando uma grande batalha com Gaara que se transforma na forma perfeita do seu Bijuu. Naruto invoca o Sapo mestre Gamabunta e consegue acordar Gaara do seu sono pois enquanto este dormisse o seu Bijuu ficava mais forte. Consegue derrota-lo e demonstra-lhe que lutava pelos seus amigos e pela sua protecção e que faria qualquer coisa para os defender. A partir daí Gaara tornar-se uma pessoa diferente que se preocupa com as pessoas. Entretanto Orochimaru o responsável pelo ataque mata o Terceiro Hokage, apesar deste ter conseguido selar os seus braços.
Com o terceiro Hokage morto Jiraiya é o próximo candidato mas recusa afirmando que conhece a pessoa certa para o cargo indo em busca de Tsunade (a sua antiga companheira de equipa) juntamente com Naruto. Durante esta viagem, Jiraiya ensina a Naruto aquele que vai ser um dos mais úteis jutsus de Naruto, o Rasengan. Com muito trabalho, Naruto impressiona todos dominando a técnica em 1 semana um feito que nem o Quarto Hokage (criador do Rasengan) conseguiu tendo demorado 3 anos. Encontram Tsunade que a princípio afirma não querer ser Hokage. Orochimaru tinha ido ao seu encontro pois sabia que ela era uma ninja médica e lhe poderia curar os braços, em troca trazia de volta o seu amado e o seu irmão que já estavam mortos. Tsunade hesita mas quando percebe a determinação de Naruto em querer ser Hokage (algo que lhe faz lembrar o seu irmão e o seu namorado) e em nunca desistir, e tendo ficando impressionada por Naruto dominar a técnica do Rasengan em tão pouco tempo, quando Naruto corre perigo esta decide ajuda-lo perdendo o medo que nutria por sangue e afirmando que de agora em diante iria arriscar a sua vida por Konoha. Mais uma vez Naruto conseguiu mudar uma pessoa e Jiraiya e Tsunade conseguem por enquanto derrotar Orochimaru. Tsunade aceita ser a próxima Hokage. Naruto recebeu o valioso colar de Tsunade (que pertencia ao seu avô o Primeiro Hokage) que lho deu por Naruto ter ganho a aposta de dominar o Rasengan em 1 semana sendo que esse colar é tão valioso que quem o tiver diz-se que pode comprar 3 montanhas. Durante esta viagem Naruto e Jiraiya encontram-se pela primeira vez com dois membros da Akatsuki Itachi (irmão de Sasuke e Kisame) é então que Naruto percebe o que eles querem dele (a Kyuuubi) e que Sasuke quer matar o seu irmão pelo assassinato do seu clã. Naruto percebeu isto quando Sasuke tenta matar Itachi com o Chidori sendo todos salvos por Jiraiya que invoca o estômago de um sapo protegendo Naruto e Sasuke.
Quando Sasuke acorda de cama após ter sofrido o ataque do seu irmão, desafia Naruto para uma luta para mostrar quem é o mais forte. Os dois lutam. Sasuke usa seu Chidori e Naruto o Rasengan. Antes de se colidirem, Kakashi chega e atira os dois para longe fazendo com que eles batessem numa caixa de água. Sasuke sai e de início sente-se superior, pelo facto do seu Chidori ter perfurado a caixa d'água, mas depois percebe que o Rasengan do Naruto estourou completamente o outro lado da caixa de água, mostrando que o golpe do seu rival tem um impacto maior, ou seja, o Rasengan de Naruto causa danos internos ao seu oponente, enquanto o Chidori de Sasuke causa apenas danos externos.
Sasuke decide ir ter com Orochimaru que lhe prometeu poder, sendo esta a única maneira, do ponto de vista de Sasuke, de poder matar o seu irmão e vingar a sua família. Naruto é convidado por Shikamaru para fazer parte do grupo que vai resgatar Sasuke. Nesta altura Naruto descobre que Sasuke foi chamado para fazer parte do grupo do Orochimaru e que ele estava a dirigir-se para lá. O grupo então é formado por Naruto, Neji, Chouji, Shikamaru e Kiba.
No caminho eles dão de caras com os 4 ninjas do som que levaram Sasuke o primeiro é Jiroubo sendo que Chouji fica para trás para lutar contra ele, vencendo. Depois é Kidoumaru que luta contra Neji que também o derrota. Posteriormente Kiba e Shikamaru lutam contra Sakon e tayuya respectivamente sendo ajudados posteriormente por Kankurou e Temari. Naruto cruza-se com Kimimaro o mais forte dos ninjas do som que o impede de ir atrás de Sasuke mas Lee aparece e diz que com Kimimaro sendo posteriormente ajudado por Gaara.
Finalmente Naruto alcança Sasuke, e os dois lutam. É uma luta épica, das melhores da série, onde Naruto faz de tudo para trazer Sasuke de volta. Os dois lutam de igual para igual e as emoções de Naruto ficam de tal maneira ao rubro que pela primeira o chakra da Kyuubi envolve-o totalmente tendo a forma de uma raposa. Sasuke espanta-se com este poder oculto de Naruto e lutam ferozmente. Sasuke que estava e desvantagem acaba também por demonstrar o seu novo poder, o selo amaldiçoado de Orochimaru nível 2 que lhe muda a forma do corpo. No final Naruto usa o Rasengan e Sassuke o Chidori sendo que Naruto falha apenas arranhando a bandana de Sasuke que o acerta em cheio. Sasuke vê o seu melhor amigo inconsciente e decide não matá-lo pois não quer ser igual ao seu irmão que para conseguir o Mangekyou Sharingan teve de matar o seu melhor amigo. Apesar de partir com algum peso na consciência Sasuke segue o seu caminho em direcção a Orochimaru.
Quando Naruto recupera a consciência ele descobre que nenhum dos seus amigos morreu, embora Chouji e Neji tenham ficado em situação crítica, mas posteriormente recuperam-se. Naruto fica muito frustrado por ter deixado escapar Sasuke mas isso não o faz desistir. Jiraiya vai ao seu encontro e diz-lhe que o vai treinar para se poder defender da Akatsuki ams para isso ele terá de deixar Sasuke pois ele foi ter com Orochimaru por vontade próprio e só um idiota é que iria atrás dele. Ao que Naruto responde se é esse o caso ele será um idiota a vida toda, e arranjará maneiras de ficar mais forte para trazer Sasuke. Mesmo assim Jiraiya decide treina-lo afirmando que afinal um idiota sempre pode fazer qualquer coisa.
Após dois anos e meio de treino fora, Naruto e Jiraiya voltam para Konoha. Naruto encontra Konohamaru juntamente com seu time e Sakura. A sua primeira missão é mostra os resultados dos seu treino juntamente com Sakura. Naruto mostra-se muito mais maduro, tendo mais estratégia e inteligência. Sakura está também muito mais forte sendo agora uma poderosa ninja médica com uma força brutal. Conseguem tirar os sinos de Kakshi durante o treino. Mas uma missão muito importante surge, Gaara o actual Kazekage foi capturado pela Akatsuki e o time de Naruto vai atrás dele. Naruto demonstra a suas emoções afirmando que percebe o que Gaara sente pois tal como ele é um Jinchuuriki. A Akatsuki retira o Bijuu de Gaara que é morto no processo. Pelo caminho Naruto encontra Itachi que posteriormente descobrem que estava a usar outro corpo para a batalha, sendo que Naruto e Kakashi o vencem (apesar deste não ser verdadeiramente Itachi mas sim apenas 30% dele). Seguem para salvar Gaara e Sakura e Chyo (conselheira da Areia que parte com eles no resgate de gaara) matam o membro da Akatsuki Sasori (neto de Chyo). Naruto e Kakashi vão atrás de Deidara que cobnsegue escapar. Para salvar a vida de Gaara Chyo dá a sua prórpia vida. Gaara fica feliz por voltar a ver Naruto pois deve-lhe o facto de ter mudado a sua vida.
Quando voltam para Konoha eles fazem o relatório da missão a Tsunade e Sakura informa o que Sasori disse antes de morrer: que ele tinha um espião no grupo do Orochimaru e iria encontrar-se em ele dentro de dez dias numa pote no país da Grama. Assim Tsunade decide enviar o time de Kakashi para apanhar o espião. Com Kakashi de cama após o esforço de usar duas vezes o Mangekyou Sharingan e com apenas dois membros no grupo, Danzou (líder da ANBU Núcleo) e Tsunade indicam um membro cada um para completar o grupo. Danzou indica Sai para repor Sasuke e Tsunade indica Yamato para repor Kakashi e para ficar de olho em Sai. Com o time completo, o novo time Kakashi sai para se encontrar com o espião de Sasori. Sai declara-se uma pessoa sem sentimentos, dizendo que Naruto que é um idiota por se preocupar com um traidor, chamando-o de amigo aquele que tentou matá-lo. Sakura e Naruto não gostam dele, mas Naruto decide aceitar trabalhar com ele no grupo porque faria qualquer coisa para resgatar Sasuke, Sakura faz o mesmo. Eles chegam à ponte, e Yamato disfarça-se de Sasori. Descobrem que o espião é Kabuto e nessa altura Orochimaru chega. Kabuto demonstra estar com medo, mas tenta matar Sasori logo depois, dizendo estar do lado de Orochimaru. Orochimaru diz para os três ninjas que estão escondidos aparecerem e Naruto,Sai e Sakura vão para o lado de Yamato para enfrentar Orochimaru e Kabuto. Orochimaru espanta-se ao ver que Yamato, está vivo, pois ele foi uma experiência de Orochimaru. Ele diz que tentou ter o poder do Shodaime (Primeiro)Hokage, o de controlar madeira e os Bijuus, e por isso fez uma experiência com 10 crianças, onde somente Yamato sobreviveu. Orochimaru, ao falar sobre Sasuke, instiga a raiva de Naruto, que começa a libertar o chakra da Kyuubi, chegando a terceira cauda, e perdendo a consciência. Naruto nunca tinha encontrado Orochimaru desde que Sasuke foi ter com ele então, nunca tinha ficado com tanta raiva. Naruto acaba mesmo por ficar na quarta cauda sendo que o seu corpo se transforma totalmente tornando-se numa mini-Kyuubi. Nesta fase Naruto não distingue amigos de inimigos acabando por magoar Sakura. Naruto e Orochimaru travaram uma grande batalha de igual para igual mas Orochimaru acaba por fugir. Kabuto cura Sakura dizendo que os vão deixar vivos para matar mais um membro da Akatsuki. Sakura corre em direcção ao inconsciente Naruto e começa a curá-lo. Ela pede a Yamato que lhe ensine o jutsu que ele utilizou para que Naruto voltasse ao normal, mas ele diz que só ele o pode usar por ter o DNA do Primeiro Hokage que controlava Bijuu's. Yamato diz que não importa o tamanho do que ela faz por ele e sim os seus sentimentos pelo Naruto. Depois de descobrir o que aconteceu Naruto pergunta pelo Sai, ao que Yamato responde que ele os traiu e se aliou a Orochimaru.Yamato conta os possíveis planos de Danzou, líder de Sai, de destruir Konoha. Yamato através do Mokuton Bunshin esteve com um clone de madeira acompanhando a luta de Naruto e Orochimaru, a conversa de Sai e Orochimaru,e está a segui-los eles. Yamato conta a verdade a Naruto e diz-lhe que foi ele quem destruiu o vale e que magoou Sakura. A partir daí Naruto afirma que nunca mais vai utilizar o chakra da rapousa (uma promessa impossível de ser cumprida). Yamato diz-lhe que se ele quer traze Sasuke de volta terá de fazê-lo com o seu próprio poder e não com o da Kyuubi, de forma a proteger os seus amigos.
Vão em direcção ao esconcerijo de Orochimaru em busca de Sasuke e descobrem coisas sobre Sai. Ele possuía um irmão (não em termos de parentesco mas ele considerava-o como tal), e esse irmão tinha morrido e desde então ele ficou sem sentimentos. Mas ao ver Naruto lutar tanto por Sasuke compreendeu o segnificado de amizade. Juntos outra vez decidem separar-se enquanto Naruto fica com Orochimaru os outros procuram Sasuke. Orochimaru aparece e Naruto tenta derrotá-lo novamente mas este foge dizendo que os vai deixar vivos para matarem mais um Akatsuki. Após lutarem contra Orochimaru, Naruto, Sakura e Yamato vão até onde estaria o quarto de Sasuke e encontram o lugar destruído, com Sasuke inteiro e Sai caído no chão. Eles percebem que a verdadiera missão de Sai era matar Sasuke pois ele constava num livro da ANBU Núcleo com os ninjas renegados que deveriam ser mortos. Mas ao ver a amizade que Naruto tem por Sasuke decide ajudá-los a trazerem-no de volta. Sai diz que irá parar Sasuke, protegendo o laço entre Naruto e Sasuke. Pela primeira desde a sua luta épica Naruto encontra-se com Sasuke. Estes falam um pouco sendo que Sasuke lhe diz que se ele quer ser um Hokage deveria estar a treinar em vez de perder tempo atrás dele, ao que Narut responde, que se ele acha que alguém que não consegue salgvar nem o próprio amigo merece ser Hokage...Sasuke desce e prepara-se para matar Naruto. Sai tenta impedi-o mas sofre um ataque de Sasuke.Sasuke prepara-se para atacar o grupo com um novo jutsu, mas Orochimaru e Kabuto aparecem impedindo que ele use esse jutsu, e os três fogem. Mais uma vez Sasuke escapa-se e Naruto fica de rastos. Durante este encontro Sasuke conseguiu ver o interior de Naruto e falar com a raposa que admitiu que o seus olhos estavam com uma grande evolução e que era quase tão temível como o Uchiha Madara embroa não se saiba ainda o que ele fez (mas sabe-se que é Tobi). A raposa disse ainda a Sasuke para não matar Naruto pois iria viver no arrependimento.
De volta a Konoha,o grupo informa o relatório da missão para Tsunade, que diz que Sasuke Uchiha pode estar muito forte, treinando kinjutsus e usando drogas. Naruto, Sakura e Sai vão conversar com Kakashi. Kakashi diz que eles precisam de ficar fortes, caso queiram salvar Sasuke. Ele propõe um treino, mas diz que Naruto é o que mais beneficiará com ele, ficando até mesmo mais forte do que Kakashi, mas Asuma Sarutobi chega, e Kakashi pede para adiar a conversa. No treino Naruto usa o seu Tajuu Kage Bunshin no Jutsu para criar vários clones de si mesmo e treinar com todos eles ao mesmo tempo, reduzindo muito o tempo necessário para aprender novas técnicas proporcionalmente ao número de clones criados, e Naruto consegue criar muitos deles. Yamato foi chamado para ajudar no treino para controlar o chakra da Kyuubi pois com o grande número de clones e o intenso treino Naruto tende a perder o controle mais facilmente. Com o treino e depois de algumas dicas de Asuma, Naruto aprende a controlar seu elemento, o Fuuton (Vento). Com o controle elemental Naruto passa a tentar criar um novo jutsu, juntando a manipulação de forma do Rasengan com a manipulação elementar do Fuuton. Durante o treino Naruto tem a notícia de que Asuma morreu enquanto lutava contra uma dupla da Akatsuki, Hidan e Kakuzu. Com isso Kakashi lidera o time de Shikamaru, Ino e Chouji, para ir ter com a dupla Akatsuki deixando Yamato a cargo da sua equipa (Naruto, Sakura e Sai). O melhor time para apoiar o time Asuma é o time do Kakashi, mas a condição para isso é que Naruto complete seu novo jutsu. Então Naruto passa a esforçar-se ainda mais para dominá-lo. Com o jutsu já completo o time Yamato vai ajudar o time Asuma, chegando a tempo de salvar o time Asuma que estava a lutar agora apenas contra Kakuzu, enquanto Shikamaru enfrentava Hidan (o responsável pela morte de Asuma de quemShikamaru gostava muito, sendo que era o seu sensei) noutro local. Sai e Sakura foram ajudar Shikamaru, e Naruto decide enfrentar sozinho Kakuzu. Com seu novo jutsu o Fuuton - Rasenshuriken, evolução do Rasengan, Naruto achava que podia derrotar Kakuzu, porém na altura em que ia atingí-lo o efeito do jutsu acabou e Naruto teve de ser salvo por Kakashi e Yamato, Ino observou que Naruto não havia mudado apesar de tudo. Mas Naruto pede que o deixem lutar com Kakuzu, pois quer superar a barreira existente entre ele e Sasuke, e quer-se tornar mais maduro, Kakashi permite. Kakuzu,depois de ver o jutsu uma vez, prepara-se melhor para enfrentar Naruto. Ao enganar Kakuzu com seu Kage Bunshin no Jutsu, Naruto consegue acertar com o seu novo jutsu em Kakuzu explodindo-o e acabando de uma vez com os três corações restantes. Todos ficam impressionados com a força de Naruto e Kakashi revela que nem com o Sharingam conseguiu acompanhar o jutsu de Naruto que termina exausto após atingir o inimigo e o derrotar. Aquela técnica nunca foi antes vista e é mais poderosa que qualquer uma conhecida até agora. Naruto encontra-se muito forte até mais do que Kakashi deixdando todos impressionados. Kakashi disse a Naruto que no que ele acreditava era que o única ninja capaz de superar o Quarto Hokage (considerado o melhor ninja de todos os tempos) seria ele - Naruto. Após a luta com Hidan e Kakuzu, Naruto precisa ficar em repouso pois seu novo Jutsu tem um efeito destruidor inclusive no seu usuário. Tsunade diz a Naruto que não use mais o novo jutsu pois é de tal maneira potente que pode rebentar com os canais de chakra do seu braço sendo algo irreparável. Desconsolado Naruto aceita a decisão de Tsunade afirmando que vai tentar aperfeiçoá-lo de forma a o poder utilizar.
Naruto, Sakura e Jiraiya reúnem-se com a Godaime Hokage, Tsunade, onde esta lhes comunica sobre boatos que estão correndo, em que Sasuke matou Orochimaru (boatos que são verdadeiros), Naruto não fica nem um pouco surpreso pois sabia que Sasuke não se deixaria dominar por Orochimaru. Naruto propõe a Tsunade que se deve formar um grupo para ir atrás de Itachi Uchiha, e já que Konoha está numa missão de ir atrás dos Akatsuki, e com isso também será possível encontrar Sasuke, que está a procura do irmão. Kakashi Hatake a formação de dois times para compor uma equipe, um o Time 7 (composto no momento por Yamato, como líder, Sai, Sakura e Naruto) e o outro time composto por Kakashi, como líder, Hinata Hyuuga, Shino Aburame, Kiba Inuzuka com Akamaru. Iniciando as buscas por Itachi, Kakashi usa seus Ninkens para separar o grupo e usar o faro dos cães para rastrear Itachi. Yamato, Naruto, Hinata e um dos Ninkens são atacados por Kabuto Yakushi, que traz um ‘’Bingo-Book’’ dos membros da Akatsuki, revela que Sasuke realmente matou Orochimaru, mas que ele (Kabuto) incorporou partes do corpo de Orochimaru, e segundo Hinata, o seu corpo está 30% tomado pelo Orochimaru. Todos da equipe de busca dirigem-se ao local onde ocorreu a batalha entre Sasuke e Deidara, onde Kiba consegue captar o odor de Sasuke. Nessa perseguição a equipe de busca é atrapalhada por partes de roupas com cheiro de Sasuke que foram deixadas para trás. Naruto usa então Tajuu Kage Bunshin no Jutsu para ampliar as buscas. Um dos cones de Naruto acha Itachi Uchiha e ataca-o, e este prende-o em um Genjutsu. Itachi diz algo a Naruto e desaparece. O resto da equipa encontra Naruto e perguntam-lhe o que se passa ao que este diz que nada aconteceu. Seguem em busca de Sasuke. Quando ião a caminho de Sasuke são interceptados por Tobi, que não os deixa passar ao mesmo tempo que parece brincar com eles. Durante a batalha, Zetsu aparece e diz a Tobi que Sasuke venceu a batalha contra Itachi. Todos ficam muito espantados. Tobi diz que se encontrarão em breve e mostra o seu olho direito, sendo visível o seu Sharingan deixando todos ainda mais confusos. numa corrida desenfreada, o grupo onde Naruto se encontra vão atrás de Sasuke tentando chegar primeiro ao local da batalha antes de Tobi. Mas sem sucesso, Tobi encontra Sasuke e leva-o. Naruto fica muito desanimado e todos voltam para Konoha.
Quando chegam a Konoha, Naruto sonha com o seu encontro com Itachi, Itachi perguntara-lhe o que ele faria se Sasuke decidisse atacar Konoha, ao que Naruto responde que arranjaria maneira de salvar ambos.
Naruto é posteriormente chamado ao gabinete de Tsunade onde se encontra Fukaksu, o sapo eremita que lutou ao lado de Jiraiya contra Pain, dando a notícia da morte do mesmo a Naruto. Este fica desolado e começa a recordar-se dos momentos que passaram juntos. Em Konoha iniciam-se agora pesquisas para decifrar a mensagem deixada por Jiraiya nas costas de Fukasaku: sendo ela interpretada inicialmente como: 9, 31, 8, 106, 7, 207, 15. Esta mensagem deixada por Jiraiya revela a verdadeira identidade de Pain. O Clã Nara e Shiho iniciam um reconhecimento de padronização para decifrar a chave do código, e Shikamaru começa a interrogar as pessoas sobre o significado daquela mensagem, Kakashi só reconhece um dos números, "106", e lhe diz que uma vez Jiraiya lhe comentara que Tsunade tinha "106 cm de peito". Sem obter informações relevantes Shikamaru busca pela ajuda de Naruto, animando-o pois diz que um dia ele também será sensei e terá que transmitir a mensagem do seu mestre ao seu aluno, devendo honrá-lo. Naruto, recompõe-se pois o seu desejo é vingar a morte de Jiraiya. Ele percebe algo que ninguém havia percebido no código, o "9" não era realmente o número "9" era na verdade uma letra "Ta" (a forma de escrita dos dois elementos na língua nipónica é muito semelhante). Shikamaru e Shino percebem então o código, com cada número significando uma página de um de seus livros e o Ta a letra que deve ser retirada. Então a mensagem resolve-se: "O verdadeiro não está entre eles". Com isto ficam a entender que o verdadeiro corpo de Pain não se encontra entre os 6 que Jiraiya enfrentou.
mais tarde Fukaksu propões a Naruto que vá treinar com ele na montanha Myoboku, no mesmo local onde Jiraiya treinou, para este aprender as artes eremitas, pois actualmente Naruto não tem capacidade para derrotar Pain, precisa de ficar mais forte.
Naruto parte para a montanha Myoboku e inicia o seu treino. Para poder utilizar o Senjutsu (arte eremita) ele precisa de concentrar chakra da Natureza, e adicioná-lo à energia física e espiritual e ter um equilíbrio entre todas elas. Mas não pode concentrar demais pois a sua aparência começa a mudar para a de um sapo e se ele se transformar totalmente num sapo o processo é irreversível. Para concentrar a energia natural Naruto tem de permanecer imóvel sem mexer um músculo. Ele afirma que nem o seu mestre Jiraiya conseguiu aprender a 100% a concentrar o seu chakra da Natureza, pois quando fica em modo sannin adquire algumas características de um sapo, como o nariz, as mãos e os pés. Fukaksu só permitiu a Naruto treinar com 4 clones, pois era o máximo que Fukaksu conseguiria evitar de se transformarem em sapo, pois se um dos Bunshin se transformasse em sapo, Naruto também se transformaria. Naruto faz progressos no seu treino e consegue erguer uma estátua muito grande só com os braços, graças ao chakra da Natureza. Naruto só pode treinar as artes eremitas, pois tal como o seu mestre tem uma grande quantidade de chakra e a capacidade de nunca desistir, caso contrário seria impossível. Até agora eles tinham treinado com o óleo de sapo, para ajudar a concentrar o chakra da natureza, e o próximo passo seria sem usar o óleo. Naruto, rapidamente o consegue, impressionando Fukaksu, e conseguiu também ultrapassar o seu mestre, pois ao concentrar o seu chakra, fica no modo Sannin e a única parecença com o sapo são os seus olhos. mas haiva um se não. O modo Sannin só dura 5 minutos e após esse tempo teria de concentrar outra vez chakra da natureza, o que em batalha seria impossível pois tem de ficar totalmente imóvel. Naruto desanima pois acha que teve a treinar para nada, Fukaksu diz que se ele se mantiver no seu ombro pode concentrar chakra para ele, tal como fazia com Jiraiya, mas ao tentar o chakra da Kyuubi repele o sapo. Então Naruto tenta concentrar o chakra da Natureza em movimento mas o sapo diz que é algo impossível e apesar de Naruto nunca desistir ele não consegue. é então que quando Fukaksu diz "é impossível concentrar chakra da Natureza em movimento, é como olhar para a esquerda e para a direita ao mesmo tempo", Naruto tem a brilhante ideia de deixar 2 Bunshin na montanha a concentrar chakra da Natureza e quando precisar de voltar ao modo sannin invoca-os através de um pergaminho, sendo que quando eles desaparecerem o chakra concentrado irá para Naruto.
Durante o seu treino, Pain invade a vila de Konoha e Naruto recebe um comunicado de um sapo que foi à montanha de Myoboku. Então parte para a batalha. Chega à vila junto com Gamabunta, Gamaken, Fukaksu e Gama no Katana. Fica chocado ao ver a vila naquele estado e chega mesmo a tempo de salvar Tsunade do ataque de Pain Reino dos Demónios, destruindo-o com um Rasengan. Naruto diz a Tsunade para ninguém interferir na batalha pois só irá por em risco a vitória. É então que Naruto começa a demonstrar a sua nova força, lançando um rinoceronte invocado por Pain com uma força imensa, e fazendo dois Kage Bunshin que por sua vez fazem cada um deles um Senpou Oodama Rasengan (Rasengan Volumoso) e destroem outras duas invocações. em direcção a Pain Naruto dá um soco em Pain Reino dos Fantasmas Famintos que se desvia, mas como Naruto está com o chakra da Natureza concentrado o ataque é muito abrangente e acaba por matar esse corpo de Pain. Posteriormente Naruto faz o Fuuton: Rasen-Shuriken, mas agora totalmente desenvolvido pois consegue lançá-lo não lhe causando danos no braço, e com o ataque mata o corpo de Pein Reino dos Homens. A seguir consegue matar Pain Reino dos Animais, com o Senjutsu Rasen-Rengan (múltiplo rasengan) criando um rasengan em cada mão. Naruto lança o Fuuto: Rasen-Shuriken mais uma vez, visando o corpo principal, Pain Reino de Deus, mas o corpo de Pain Reino dos Fantasmas Famintos havia sido ressuscitado por Pain Reino do Inferno e absorveu o ataque. Naruto cria uma estratégia e com o Rasen-Rengan consegue matar Pain Reino do Inferno e com o seu clone mata definitivamente, Pain Reino dos Fantasmas Famintos. Mas Naruto começa a perder o modo Sannin e é então que Pain consegue imobilizá-lo dizendo a Naruto que o objectivo dele é trazer a paz ao mundo, sendo que para isso toda a gente terá de sentir o que é a dor para pararem com a guerra, sendo assim terá que destruir o mundo para todos sentirem a verdadeira dor e era isso que Jiraiya querie (segundo Pain que interpretou mal a mensagem de Jiraiya). Naruto fica sem resposta é então que Hinata aparece e diz que ama Naruto e que o irá proteger, mas Pain desvia-a e quase que a mata, enfurecido Naruto começa a transformação da kyuubi mas detsa vez 6 caudas aparecem. Trava uma grande batalha com Pain e Naruto começa a perder a razão sendo que a raposa o começa a dominar quase totalmente. Rompendo o podrosíssimo jutsu de Pain Chibaku tensei, a oitava cauda aparece e Naruto prepara-se para remover completamente o selo da raposa pois encontra-se em agonia e fora de si. É então que o espírito do quarto Hokage aparece e o impede de remover o selo e lhe diz que tinha programado o jutsu para que se se libertassem as 8 caudas o seu espírito apareceria. Yondaime revela a Naruto que é o seu pai e Naruto fica radiante, mas ao mesmo tempo não entende como o próprio pai pode selar um demónio no filho. Este pede desculpa pelo mal que lhe causou mas só fez o que fez pois sabia que alguém esteve por detrás do ataque a Konoha com a Kyuubi e desconfia de Tobi/Uchiha Madara. Naruto entende mas ele diz ao pai que nunca será capaz de completar o objectivo de vida de Jiraiya que era acabar com o ódio no mundo (algo que Pain estava a tentar fazer mas de uma forma errada). Naruto desepespera mas o Quarto Hokage põe a mão na sua cabeça e diz que acredita nele e acredita que ele irá conseguir. O pai refaz-lhe o selo, e a Kyuubi volta a ser selada. Naruto comovido e com a sua determinação a emergir volta para a sua luta contra Pain. Descobre onde se encontra o verdadeiro corpo e com um simples Rasengan (técnica ensinada por Jiraiya) acaba com o último corpo de Pain (Reino de Deus). Dirige-se então a Nagato que se encontra ligado a uma máquina e era através desta que controlava os seis corpos.
Naruto encontra-se frente a frente a Nagato e começam a dialogar. Nagato tenta capturá-lo e Naruto com a sua grande fúria quase mata Nagato mas retrai-se e lembra-se das palavras de Jiraiya de que um dia iria fazer com que todas as pessoas se entendessem umas às outras. nagato fica espantado com a atitude de Naruto. Naruto quer saber porque Nagato fez o que fez à vila e se juntou à Akatsuki. Este afirma que Jiraiya e o Eremita dos Seis Caminhos tinham ideias distorcidas da paz e que o que eles queriam fazer (que era alcançar a paz no mundo) não deveria ser feito dessa maneira. Nagato conta a sua história, sobre como os seus pais foram mortos por engano pelos ninjas de Konoha durante a terceira Grande Guerra, sendo que foi nesse dai que activou o Rinnegan. Posteriormente enquanto órfão juntou-se a Konan e a Yahiko sendo que ao longo da sua jornada de sobrevivência na guerra, encontraram-se com Jiraiya quando este era jovem e lutava por Konoha ao lado dos seus companheiros Tsunade e Orochimaru. Este decidiu ficar na Vila da Chuva e ensinar os três órfãos para se protegerem de possíveis invasores. Quando partiu os três mantiveram-se juntos e cresceram todos fortes sendo que Yahiko tinha o sonho de vir a poder mudar o mundo acabando com as guerras, tornando-se de certa forma um Deus. Criaram uma organização, o gangue da chuva que posteriormente foi contactado por Hanzou o líder da Vila da Chuva. Mas eles perceberam que as intenções dele não eram as melhores e foram traídos pois na verdade Hanzou queria acabar com eles pois temia que estes quisessem tomar a vila, então junto com Danzou atacou-os. Obrigou Nagato a matar Yahiko sendo que este não conseguiu mas Yahiko puxara a sua mão onde tinha a Kunai e espetou-se acabando por morrer, mas antes dizendo que acredita que Nagato irá conseguir mudar o mundo. Carregado de raiva, Nagato usa o Kuchyose Gedou Mazo, técnica que usa também para a retirar os Bijuus, mas esta associa-se ao seu corpo e suga-lhe a energia vital. Com esta técnica mata todos os presentes e é aqui que começa a sua personalidade de "Pain". A partir daqui ele passa a acreditar que só sentido a dor as pessoas podem parar com a guerra.
Quando acaba Nagato espera pela resposta de Naruto, sendo que este responde: "Eu irei acreditar no que Jiraiya acreditava". Afirma que irá arranjar maneira de todos se darem bem e trazer a paz ao mundo. Nagato fica muito espantado e finalmente a sua personalidade muda graças a Naruto, este afirma que irá confiar em Naruto e usa a sua última técnica o Gedo • Rinne Tensei no Jutsu, ressuscitando todos os que haviam sido mortos ao longo da invasão a Konoha (incluindo Kakashi, Shizune e Fukaksu). Naruto fica contente por isso e Konan decide também abandonar a Akatsuki pois o que lhe verdadeiramente interessava eram Nagato e Yahiko. Agora ela também acredita em Naruto.
Naruto é aclamado como um herói em Konoha todos o felicitam pela sua grande vitória.
Depois de se livrarem da multidão, Naruto, Kakashi e Shizune aparecem na cabana onde Tsunade está, Sakura diz que como ela usou quase todo o seu chakra para que Katsuyu pudesse proteger a vila, acabou entrando em coma, mostrando a sua real aparência, Sakura diz que não sabe se este coma poderá ser reversível ou não. Naruto então lamenta-se por Tsunade ao vê-la daquele estado.
Naruto tem conhecimento de que Danzou é agora o novo Hokage, algo que o alarma.
Após a invasão aparecem os três alunos do Killer Bee (o jinchuuriki das 8 caudas) da Vila Oculta da Nuvem, para pedirem informações sobre Sasuke pois supostamente ele capturou Killer Bee juntamente com a sua equipa. Quando descobrem que Sasuke pertence agora à Akatsuki, Naruto e Sakura ficam chocados. Mas apesar de tentarem, Naruto não diz nada sobre Sasuke, dizendo para eles lhe baterem até ficarem satisfeitos. Mas Sai para-os e estes acabam por desistir pois percebem que ele não irá ceder. Ele promete ajudar a salvar o sensei dos 3 ninjas da nuvem. Parar recuperar dos seus ferimentos Sai leva Naruto a Konoha, e este convence Kakashi e yamato a irem com ele atrás do Raikage pois teve conhecimento de que este queria matar sasuke. Depois da recuperação, Naruto encontra-se com Konhamaru e felicita-o por este ter conseguido usar o Rasengan. Partem em busca do Raokage mas quando o encontram não o conseguem convencer a não eliminar Sasuke.
Tobi encontra Naruto que estava numa estalagem juntamente com Yamato e Kakashi. Este diz que quer conversar com ele, então Naruto ataca-o com o Rasengan porém este desvia e diz que isso é inútil, porém ele é capturado por Kakashi e Yamato, sendo que Kakashi diz: Não deixarei você encostar no Naruto, Uchiha Madara. Tobi fica surpreso por Kakashi saber o seu nome e diz que só quer conversar. Então este pergunta a Naruto, como fez com que Nagato o traísse, ao que Naruto responde para ele falar sobre Sasuke, então Tobi começa a contar o que o mundo Shinobi fez com Sasuke. Tobi conta a história de Sasuke e Itachi, afirmando que Itachi só queria o bem de Sasuke e que fez tudo para proteger a vila e o seu irmão mais novo. Naruto não acredita ao princípio, Tobi diz que isso é uma maldição, que começou com o Rikudou Sennin (Eremita dos Seis Caminhos). Kakashi diz que o Eremita é uma lenda, que o Rinnegan é apenas uma mutação, Tobi diz que parte da lenda é real o Eremita dos Seis Caminhos tentou trazer paz ao mundo era o seu sonho, mas o seu tempo estava a acabar e ele confiou aos seus dois filhos os poderes e a vontade do caminho ninja pela paz, ao mais velho ele "nasceu" com os olhos do Rikudou Sennin e foi presenteado com um chakra poderoso e ernegia espiritual, ele acreditou que a força era a chave para a paz, e ao mais novo, "nasceu" com o corpo do Rikudou Sennin e foi-lhe presenteado com força vital e energia física, ele acreditava que o amor era a chave para a paz. No seu leito de morte o Sábio teve que escolher um sucessor, Tobi diz que a eterna maldição começou com essa escolha, o Sábio escolheu o filho mais novo, o mais velho não pode aceitar isso, acreditando que ele deveria ser o escolhido, e consequentemente atacou o seu irmão mais novo com ódio, o tempo passou, mas os descendentes desses dois irmãos continuaram a travar uma guerra de ódio, os descendentes do irmão mais velho foram chamados de Uchiha e os do irmão mais novo de Senju. Tobi conta que sua primeira batalha com Hashirama Senju (o primeiro Hokage)estava predestinada, assim como a batalha entre Naruto e Sasuke, Tobi diz que a determinação do fogo está dentro de Naruto e diz que vê o Primeiro Hokage em Naruto. Madara diz que admirava Hashirama Senju e o odiava também. Tobi diz que Naruto e Sasuke também vão lutar é o destino deles, a batalha de Naruto e Sasuke está destinada e diz que usará Sasuke para fazer as pessoas reconhecerem o Clã Uchiha. Naruto diz a Tobi que Sasuke não é o seu escravo e que não o ajudará nos seus planos, então Tobi diz que não poderá manipular Sasuke como manipulou Nagato e diz que Naruto está fora de seus planos e fala que se quiser controlar o coração das pessoas deverá usar a escuridão com elas e que Nagato foi facilmente influenciado. Naruto diz que Tobi e Nagato não são nada parecidos e Tobi concorda com isso. Então Kakashi diz que se Tobi quer que o Clã Uchiha seja reconhecido para que precisa dos Bijuu então Tobi diz que não precisa falar mais nada e diz que aquele não é o lugar apropriado para se ter uma conversa e vai-se embora com seu Ryokoo Basho Tenki.
Após a visita de Tobi, Naruto estava a concentrar o chakra Eremita, quando Sakura chega com Kiba, Akamaru, Lee e Sai. Sakura diz a Naruto que quer conversar com ele. Então Sakura admite que ama Naruto, mas este não acredita. Sakura diz que Sasuke agora é um criminoso e isso está partindo o seu coração e pergunta a Naruto se ele quer desistir de ir atrás de Sasuke, então ela abraça-o e diz que quando fica próxima dele, ela se sente mais segura, e Sasuke sempre ficou distante, mas Naruto sempre ficou ao lado dela. Naruto segura os seus ombros e diz que odeia pessoas que mentem a si mesmas. Sakura, irritada pela resposta, vai-se embora junto com Lee,Kiba, Sai e Akamaru. Naruto fica sem reacção. Sai conta a Naruto que Sakura irá atrás de Sasuke provavelmente para o matar, e diz-lhe também que todos da vila concordaram em fazê-lo. Quando Gaara aparece e conta as novidades da reunião dos Kages, diz a Naruto para ele tomar a decisão que achar mais correcta em relação a Sasuke. Com os sentimentos todos a transbordarem Naruto começa a hiperventilar e desmaia. Entretanto Naruto fala com Yamato e percebe que Kakashi partira junto com o Bunshin de Sai em direcção a Sakura impedindo que ela enfrente Sasuke sozinha. Yamato impede Naruto de ir atrás deles. Naruto arranja um plano e consegue escapar-se da casa onde se encontram sem ser notado por Yamato.
Imediatamente Naruto entra no modo Sannin em movimento, algo que nem Jiraiya era capaz de fazer, e segue o chakra de Kakashi.
Actualmente
Actualmente, está a caminho do local onde se encontra Sakura, Kakashi e SAsuke.
Força
Naruto, de início, era um dos ninjas mais fracos de todos. Não sabia lutar em condições, só atrapalhava. Por não saber muitos ninjutsus e genjutsus, Naruto ficou no taijutsu. Não treinou nessa arte, ele apenas sabe socar, chutar, sem nenhum treino próprio, quase como numa briga de rua. A sua força e especialidade na luta estão no improviso, surpreendendo oponentes e companheiros.
Isto começa a mudar quando aprende o Kage Bunshin no Jutsu: por causa de seu chakra enorme, pode criar inúmeros clones, sem se preocupar muito. Com eles, pode atacar diversas vezes o oponente, com várias habilidades. Pode criar dois, que seguram o oponente, enquanto outro clone ataca; pode criar dezenas, que atacam ao mesmo tempo; alguns que servem como isca; e a estratégia pode mudar drasticamente. Desse modo, criou o Uzumaki Naruto Nisen Rendan e o Uzumaki Naruto Rendan. Com Jiraya aprendeu o poderoso Rasengan, que Naruto faz com a ajuda de um Kage Bunshin, concentra e rodopia o chakra na sua mão, formando uma esfera de chakra concentrado capaz de causar um grande dano interno no receptor, que varia com a intensidade de chakra utilizada. Também com Jiraya aprendeu a invocação de sapos, animais estes que ajudam em diversas situações.
Depois de treinar dois anos e meio com Jiraya, Naruto fica mais rápido, e cria uma variação do Rasengan, o Oodama Rasengan, em que Naruto junto com um clone juntam suas mãos, e formam o Oodama Rasengan, que é duas vezes maior que o Rasengan. Aprende a criar estratégias, a invocar armas a partir de pergaminhos. Com o treino de Kakashi aprende a controlar seu elemento, o Vento (Fuuton). Com isso desenvolve o Fuuton Rasengan, mais tarde aperfeiçoado para Fuuton Rasenshurinken até agora o seu jutsu mais poderoso.
Os ataques mais poderosos do Naruto são o Rasengan e suas variações, que causam um grande estrago interno, e aos órgãos internos do inimigo, já o Fuuton - Rasenshuriken, além de causar esse dano, também destrói os tenketsus do inimigo, impossibilitando a passagem de chakra.
Naruto e a Kyuubi
A Kyuubi (mais especificadamente Kyuubi No Yoko - Raposa de 9 caudas) foi selada pelo seu pai Minato Namikaze (Yondaime Hokage) dentro de Naruto. Por ter sido selada ela é um pouco desobediente. Nunca se preocupou muito com Naruto, mas tenta recuperá-lo com seu chakra porque se ele morrer ela morre junto com ele. Naruto aprende a usar o chakra da Kyuubi quando treina com Jiraya antes das finais do Chuunin Shiken, com o final do treino sendo o momento em que Jiraya atira Naruto num precipício e então Naruto pede para a Kyuubi emprestar o seu poder como "aluguer" por ela morar dentro dele, e assim invocar o Gamabunta para poder sobreviver e sair do precipício. Ela aceitou, e Naruto ganhou um novo poder, o gigantesco chakra da Kyuubi.
Sempre que Naruto está numa dificuldade, a Kyuubi liberta seu chakra, recuperando-o. Sempre que o chakra de Naruto está prestes a acabar a Kyuubi coloca o seu dentro dele. O gatilho para este modo em Naruto é a perda de controle: quando alguma emoção está à flor da pele, esse poder começa a sair. Normalmente acontece quando ele está com raiva, acontece muitas vezes quando se fala mal de Sasuke.
Quanto mais chakra a Kyuubi liberta, mais poder Naruto ganha, porém isso tudo tem um forte contra: ao ganhar muito chakra, Naruto começa a libertar as caudas da Kyuubi. Ao usar o chakra dela os riscos na sua bochecha ficam mais escuros e seus olhos ficam diferentes (vermelhos com um traço negro). Com uma cauda o seu poder aumenta, e o chakra da Kyuubi ajuda-o na luta, lutando independente da vontade de Naruto, como se fosse um terceiro braço. Com duas caudas Naruto liberta um poder gigante, ganhando presas com unhas parecendo garras. Na terceira cauda Naruto começa a perder a razão, mas mantendo a sanidade, ganhando um poder inimaginável. Quando liberta a quarta cauda ele ganha um instinto assassino, perdendo toda a razão, destruindo tudo o que ele encontrar, explodindo o seu chakra. O seu sangue começa a sair e junta-se com o chakra da Kyuubi, dando a impressão dele ser o pêlo da raposa. Naruto começa a tornar-se uma mini-Kyuubi, não distinguindo amigos de inimigo.
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